Ihr tänzerischer und choreografischer Werdegang begann sie als Gründerin ihrer Tanzcompagnie Flamencos en route zusammen mit der legendären spanischen Tänzerin und Choreografin Susana und dem Komponisten Antonio Robledo. Brigitta Luisa Merki gründete 1984 die Tanzcompagnie «Flamencos en route», leitete über 50 Inszenierungen und brachte den Spanischen Tanz in Dialog mit anderen Kunstformen.

Ab 1991 übernahm sie die künstlerische Leitung. Mit ihrem international zusammengesetzten Ensemble verband sie Tanz, Musik, Gesang, Literatur und bildende Kunst zu Gesamtkunstwerken. Der Dialog dieser verschiedenen künstlerischen Ausdrucksformen verlieh ihrer choreografischen Handschrift ein unverwechselbares Profil mit eigenständigen und atmosphärisch dichten Inszenierungen. Sie entstaubte den Flamenco, renovierte ihn und gab ihm einen Platz in der Tanzkunst der Gegenwart. Mit ihrer Compagnie war sie europaweit auf Tournee in vielen renommierten Theatern.

2004 wurde sie mit dem Hans-Reinhart-Ring, der höchsten Auszeichnung im Theater- und Tanzschaffen der Schweiz geehrt. 1999 erhielt sie den Kulturpreis der AZ-Mediengruppe Schweiz.

2007 gründete Brigitta Luisa Merki für die Klosterkirche Königsfelden das Tanzfestival Tanz & Kunst Königsfelden, welches seit 2012 zu den kulturellen Leuchttürmen des Kanton Aargaus zählt. Die jährlich stattfindenden, interdisziplinären Kunstproduktionen (Tanz / Musik / Visuelle Kunst) fanden schweizweit grosse Resonanz.

Ab 2014 entstanden alternierend im Zweijahresrhythmus pädagogische Kunstprojekte, die mit Schulen aus dem Kanton Aargau realisiert wurden. 2021 eröffnete sie das Residenzzentrum tanz+. Ein Kreativ- Labor für TänzerInnen und ChoreografInnen in der ehemaligen Produktionsstätte von Flamencos en route in Baden.

Viele Jahrzehnte widmete sich Brigitta Luisa Merki einer intensiven pädagogischen und choreografischen Tätigkeit im In-und Ausland u.a. an der Paluccaschule, Hochschule für Tanz in Dresden, Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Heidelberg/ Mannheim, Hochschule für Tanz, TAZ, ZHdK, Zürich. Internationale Sommerkurse in Italien, Frankreich, Deutschland, Schweiz, Portugal.

Die Tanzjournalistin Angela Reinhardt bezeichnet Brigitta Luisa Merki als eine forschende Grenzüberschreiterin, Stuttgart 2017

 «Mit großer Freiheit, mit einer umfassenden Kenntnis von Literatur, Musik und Malerei, vor allem aber mit einer Herzensbildung, wie sie heute in den Künsten so selten geworden ist, erweitert sie ihre Kunst über vermeintliche Grenzen hinaus. Was Brigitta Luisa Merkis Stücke am nachdrücklichsten prägt, ist die Wahrhaftigkeit ihrer Kunst: Nie bleibt sie an einer gefälligen Oberfläche, sondern legt die verborgenen Dialoge frei, die zwischen Wort, Bild, Musik und ihrer Kunst, dem Tanz, bestehen.»